Với các nguyên tắc xác định tiền lương và thiết kế bảng lương công chức hiện hành, về nguyên tắc, cơ chế trả lương hiện tại đã là trả lương theo công việc, theo vị trí chức danh. Các nguyên tắc xác định hiện nay (tính kế thừa, thừa nhận) có thể dễ dàng sắp xếp, phân công, điều động, luân chuyển cán bộ, công chức theo lãnh thổ, cơ quan; Tiền lương trả theo thâm niên mang giá trị tôn vinh, trả cho lòng trung thành, và có tính đến theo thời gian cán bộ, công chức tích lũy được kinh nghiệm và làm việc hiệu quả hơn. Tuy nhiên, như đã phân tích, giữa chức danh, công việc gắn với người chứ không phải là vị trí việc làm, do vậy, thiết kế tiền lương theo chức danh dẫn đến trả lương theo người chứ không phải theo việc, cho nên vẫn đang còn tồn tại những điểm sau:

Với thiết kế bảng lương và các nguyên tắc trả lương đối với cán bộ, công chức theo chuyên môn nghiệp vụ là trả lương chưa đúng người đúng việc: việc làm như nhau nhưng tiền lương khác nhau: cùng ngạch chức danh đồng nghĩa với mức độ phức tạp công việc như nhau nhưng do cách trả lương theo bậc, mỗi ngạch lại có nhiều bậc dẫn đến cán bộ công chức cùng mức độ phức tạp công việc tương đương nhau nhưng mà mức lương là khác nhau, điều này không phù hợp với nguyên tắc trả lương đó là công việc như nhau trong điều kiện làm việc tương tự nhau thì được trả lương như nhau. Hơn nữa, do chức danh gắn với người nên tiền lương theo người chứ không theo việc, do vậy hư đẫ phân tích có những người có chức danh thâp hơn nhưng thực hiện công việc của chức danh cao hơn hoặc ngược lại, nhưng tiền lương thì cứ ở chức danh cao hơn thì có tiền lương cao hơn, dẫn đến trả lương chưa tương xứng với công việc và hiệu quả của người thực hiện, chưa đảm bảo công bằng, hợp lý.

Nâng bậc lương: Tiền lương trả theo ngạch, bậc; việc nâng bậc trong ngạch được điều chỉnh theo thời gian, thâm niên công tác và kết quả hoàn thành nhiệm vụ công tác. nhưng thực tiễn thực hiện cho thấy việc đánh giá công chức hiện nay còn nhiều bất cập, hạn chế, chưa phân định được người làm tốt với người làm chưa tốt, người còn hạn chế về năng lực. Kết quả đánh giá công chức chưa phản ánh được thực chất và gắn với kết quả hoàn thành công việc, với trách nhiệm được giao, còn mang tính cả nể. Do vậy, tiền lương trả cho cán bộ, công chức cũng chưa mang tính công bằng. 

Cách thiết kế thang bảng lương như hiện nay, việc nâng bậc lương ở từng ngạch phụ thuộc vào thâm niên là chủ yếu dẫn đến cán bộ, công chức thiếu động lực phấn đấu nâng cao hiệu quả, chất lượng công việc vì họ thấy gần như mặc định là đến thời gian xét nâng bậc lương là được nâng bậc.

Cán bộ lãnh đạo hưởng lương chuyên môn nghiệp vụ và phụ cấp chức vụ (trừ một số chức danh lãnh đạo có hệ số lương theo vị trí), trong khi hệ số phụ cấp chức vụ là không đáng kể, chưa có lương chức vụ mà chỉ áp dụng lương chuyên môn và phụ cấp chức vụ trong khi phụ cấp chức vụ không phản ánh độ phức tạp của chức vụ/chức danh lãnh đạo dẫn đến những bất cập trong thực tiễn: ví dụ như lãnh đạo có lương thấp hơn nhân viên, lãnh đạo là chuyên viên chính nhưng quản lý và lãnh đạo nhân viên có chức danh cao hơn như chuyên viên chính hoặc chuyên viên cao cấp, cho nên cộng thêm cả hệ số phụ cấp chức vụ thì mức lương vẫn thấp hơn nhân viên. Hơn nữa, chức vụ lãnh đạo cấp Vụ/Sở giữa cấp trưởng và phó chỉ hơn nhau hệ số 0.2, tương đương với 210 ngàn đồng/tháng (mức lương tối thiểu hiện nay la 1.050.00đ/tháng) trong khi cấp trưởng phải chịu trách nhiệm rất lớn. Điều này càng phản ánh mức lương chưa đúng với mức độ phức tạp của công việc.